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O setor de Contas Médicas é responsável pelo faturamento da produção hospitalar, ou seja, de internações, e ambulatorial – atendimento de emergência que não gera internação e aqueles realizados no ambulatório de egressos. É por meio deste setor que o HS apresenta sua produção de serviços através do BPA (SIA/SUS) e AIHs (SIH-SUS) à Secretaria Municipal da Saúde (SMS), que faz o processamento da produção e o pagamento à Secretaria da Saúde do Estado da Bahia (Sesab).