O setor de Contas Médicas é responsável pelo faturamento da produção hospitalar (de internações) e ambulatorial (atendimento de emergência que não gera internação e aqueles realizados no ambulatório de egressos).
É por meio desse setor que o Hospital do Subúrbio apresenta sua produção de serviços à Secretaria Municipal da Saúde, através do Boletim de Produção Ambulatorial – BPA (cujos dados são recebidos no Sistema de Informações Ambulatoriais do SUS – SIASUS) e das Autorizações de Internações Hospitalares – AIHs (registradas no Sistema de Informações Hospitalares do SUS – SIHSUS). Dessa forma, a Secretaria Municipal da Saúde faz o processamento da produção e o pagamento à Secretaria da Saúde do Estado da Bahia (Sesab).